2001 a 2012

Em julho de 2000, a Rede Globo assinou um contrato de 10 anos com os herdeiros de Monteiro Lobato, e em 2001 no dia 12 de outubro, começou a exibir uma nova adaptação para a televisão, das histórias do Sítio do Picapau Amarelo. Inicialmente foram adaptados os livros, depois foram utilizados os mesmos personagens em novos argumentos. A primeira temporada durou de 2001 a 2002. Nesta época eram usados efeitos especiais para que o Visconde de Sabugosa, parecesse ter mesmo o tamanho de um sabugo de milho, mas na segunda temporada em 2002 essa técnica foi deixada de lado, porque no programa, Visconde comeu uma pitada de fermento e ficou do tamanho de uma pessoa normal.

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Em 2003, o Sítio teve muitas mudanças, as histórias que duravam só uma semana passaram a durar um mês, o visual de alguns personagens foi aterado. Tio Barnabé trocou os coletes com cores africanas por suspensórios e roupas mais caipiras, e ganhou também um chapéu de palha, Tia Nastácia engordou um pouco e ganhou um vestido de mangas compridas, e a Cuca ficou mais descabelada, e com roupas diferentes. E o Sítio ganhou também dois novos personagens fixos, o caipira Zé Carijó, e Pesadelo o ajudante da Cuca. Também em 2003, a turma do Sítio apareceu em histórias em quadrinhos na cartilha do "Fome Zero", e a Cuca chegou até a cumprimentar o Presidente Lula na cerimônia de entrega das cartilhas ao "Fome Zero". E atores vestidos de persongens do Sítio também apareceram na cerimônia.

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Em 2004, o programa teve novas mudanças, as crianças Lara Rodrigues e César Cardadeiro, que interpretavam Narizinho e Pedrinho haviam crescido e foram substituídas por Caroline Molinari e João Vítor da Silva. O programa ganhou ares de super produção, e os personagens passaram a atuar em outros lugares além do Sítio, como a Floresta Amazônica, Portugal e outros. 

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Em 2005 Nicete Bruno e Cândido Damm, que interpretavam Dona Benta e Visconde de Sabugosa, tiveram que sair do programa e foram substituídos por Suely Franco e Aramis Trindade. A Cuca ficou com um visual mais realista e assustador, e deixou de usar vestidos e sapatos de salto alto como ela fazia na primeira temporada em 2001. O programa também mudou o seu formato e passou a ser uma novela infantil, com 192 capítulos e uma única história, que durava o ano inteiro, o Sítio também ganhou nova trilha sonora, com novas músicas cantadas por famosos cantores brasileiros, para que pudesse atrair crianças, jovens e adultos. O Sítio chegou a ganhar o "Prémio MídiaQ 2005", na categoria de quatro a sete anos, com base numa pesquisa feita com pais de crianças e jovens de quatro a dezessete anos, nas classes A,B e C, sobre a qualidade da programação da TV no Brasil. 

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Em 2006 as crianças João Vítor da Silva e Caroline Molinari foram substituídas por Rodolfo Valente e Amanda Diniz. A maioria do elenco também foi trocado. E com a saida da diretora Cininha de Paula, Carlos Manga o novo diretor do programa, decidiu reformular totalmente o Sítio do Picapau Amarelo, e fazer ele ficar mais parecido com o "Sítio" das histórias de Monteiro Lobato. 

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Tudo foi reformulado em 2007 e o formato com episódios separadosvoltou a ser exibido. O elenco totalmente modificado, trouxe novamente uma atriz adulta para interpretar a boneca Emília, assim como na versão apresentada nos anos 70 e 80, desta vez a escolhida foi Tatyane Goulart que já havia feito vários trabalhos para a emissora, como as novelas Felicidade de 1991, Quatro por Quatro de 1994, Kubanacan de 2003. A atriz se mostrou muito sensata e carismática ao interpretar a principal  personagem de Lobato,o figurino foi todo modificado, principalmente a roupa da Emília e do Visconde de Sabugosa, que além de estar mais parecido com um sabugo de milho (sem aquele exagero do boneco em 2006), usou  

uma maquiagem toda especial no rosto. A essência de Lobato se perdeu nos últimos anos e o programa investiu pesado na recuperação da simplicidade e da magia das histórias originais do escritor, o núcleo dos personagens da casa ganhou novamente a real  importância  na obra, já que anteriormente eram personagens secundários. Figuras folclóricas como Iara, Saci,Caipora e Cuca  sempre estavam  presente nas histórias com participação ativa. A bruxa Cuca desta vez não foi  mostrada com traços de um jacaré e sim com um visual mais assustador e a veia cômica que havia na personagem foi abolida, dando prioridade ao lado malvado, característica principal da Cuca e acentuado pela atriz Solange Couto.  Os bichos do sítio também foram modificados, o porco Rabicó mudou mais uma vez e teve  participação maior no programa,  para o Conselheiro Burro falante  foram usados efeitos especiais e uma dublagem bem parecida com a versão dos anos 70. O núcleo de Tucanos, foi mais reduzido e divertido também, a atriz Catarina Abdala voltou ao programa interpretando a Dona Carmela, proprietária da pensão ( a atriz foi a Cuca nos anos 80) ela  é também a Mula sem cabeça, aliás até em Tucanos temos  figuras folclóricas: a já citada Mula sem cabeça e o Lobisomem, que na verdade é o delegado da cidade. A parte da vilania ficou representado pelo falso Barão de Tremembé e sua assistente Minerva, dignamente representados pela dupla Nelson Xavier e Pia Manfroni. Apesar de novas músicas e regravações de sucessos antigos serem mostrados no programa, a trilha sonora não foi lançada no mercado fonográfico.

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2008 á 2011 o Sítio não foi exibido, mas foi reprisado, pela TVGI, Futura, Viva e SIC K
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O Sítio devolta aos sábados pela manhã em versão animada na tela da Globo!O universo mágico criado pelo escritor Monteiro Lobato volta a fazer parte das manhãs de sábados dos brasileiros em desenho animado. A partir de 7 de janeiro de 2012, o Sítio do Picapau Amarelo será exibido em versão animada, mas sem perder as características tão bem delineadas da obra de Lobato. As aventuras de Emília, Narizinho, Pedrinho, Tia Nastácia, Dona Benta, Visconde de Sabugosa e toda a turma serão levadas para a TV valorizando a liberdade e a criatividade do universo de Lobato. Fruto de uma parceria inédita entre Mixer e Rede Globo, a série terá 26 episódios inéditos, todos em alta definição e baseados na obra “Reinações de Narizinho”, de Monteiro Lobato. Pela primeira vez, a emissora investe em coprodução de desenho animado. O projeto foi iniciado a partir do contato da produtora com a Globo Marcas, área da emissora responsável pelo licenciamento do Sítio. “A família Lobato participou de todo o processo, desde a atualização dos desenhos dos personagens até a aprovação das sinopses dos episódios”, conta José Luiz Bartolo, diretor de Licenciamento da Rede Globo. Para a Mixer, a coprodução é um marco no segmento e a série promete encantar e surpreender os telespectadores. “A animação do Sítio certamente vai atrair os pais, que cresceram vendo e lendo as histórias de Monteiro Lobato. E a criançada de hoje também será conquistada pelo universo mágico dos personagens”, Tiago Mello, produtor executivo da Mixer. Produzida com incentivo da Lei do Audiovisual (artigo 3º A), a série começou a ser produzida pela Mixer e pela Rede Globo em outubro de 2010. “Trazer a história do Sítio em formato de série era um desejo nosso, que agora se concretiza nesta parceria”, conta Carlos Eduardo Rodrigues, diretor executivo da Globo Filmes. “O Sítio do Picapau Amarelo marca o início da relação de projetos dramatúrgicos entre a Mixer e a Rede Globo. Estamos muito felizes em participar deste momento histórico da indústria de animação no Brasil”, afirma João Daniel Tikhomiroff, presidente da Mixer. A cada episódio, a série trará uma nova história que será conduzida por Narizinho, Pedrinho e, claro, pela boneca Emília. Tudo se passa em um sítio afastado da correria e do barulho da cidade grande. O ‘Sitio do Picapau Amarelo’ teria tudo para ser um lugar pacato e comum, mas, o lugar é mágico e há mais de 90 anos é palco da imaginação de milhões de crianças brasileiras. Dentro do Sítio, tudo é possível e as maiores aventuras se tornam realidade. Ora é Narizinho quem inventa uma brincadeira nova. Ora é Pedrinho quem resolve enfrentar um novo desafio. E é Emília quem encasqueta com alguma coisa que acha que devia ser diferente e coloca a turma inteira em uma gigantesca confusão. Sem falar no Visconde de Sabugosa, que sempre tem uma palavra de sabedoria. O Sítio do Picapau Amarelo será exibido a partir do dia 07 de janeiro de 2012, sempre aos sábados, após TV Globinho as 10:45 da manhã.